Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianamedeki 19 sanık hakkında açılan davanın birinci duruşması, 16 Nisan 2014’te görüldü. 13 Aralık 2019’da verilen kararda, yargılama sırasında ölen sanık Ahmet Demirel ve Ziya Bandırmalıoğlu hakkındaki dava düşürüldü. Kendisine ulaşılamayan sanık ‘Yeşil’ kod isimli Mahmut Yıldırım’ın evrakı ise ayrıldı. Yargılama sonucunda, eski İçişleri Bakanı Mehmet Kemal Ağar’ın da ortalarında bulunduğu 16 sanığın beraatına karar verildi. Belge daha sonra kanun yolu incelemesi için Ankara Bölge Adliye Mahkemesi’ne (BAM) gönderildi. İncelemeyi tamamlayan BAM, 5 Nisan 2021’de beraat kararlarını bozarak, tekrar yargılamanın yapılması için belgeyi Ankara 1’inci Ağır Ceza Mahkemesine gönderdi. Ankara 1’inci Ağır Ceza Mahkemesi de sanıklar Mehmet Kemal Ağar, İbrahim Şahin, Mehmet Korkut Eken, Ayhan Çarkın, Ayhan Akça, Ercan Ersoy, Seyfettin Lap, Ayhan Özkan, Uğur Şahin, Alper Tekdemir, Enver Ulu, Yusuf Yüksel, Lokman Külünk, Abbas Semih Sueri, Nurettin İnanç ve Muhsin Korman’ın beraatine karar verdi.
Yargıtay 1’inci Ceza Dairesi, oy birliğiyle aldığı kararda, yargılama sürecinin tarz ve yasaya uygun yürütüldüğünü beyan etti. Sanıklar aleyhine ileri sürülen tezlerin kanıtlarla desteklenemediği, belgede bulunan evrakların ise kâfi ve kesin kanıt niteliği taşımadığı belirtildi. Mahkemenin yargılama sürecinde sunduğu raporların kâfi olduğu ve sanıkların cürümleri işlediklerine dair her türlü kuşkudan uzak, kesin ve inandırıcı bir kanıt bulunmadığı gerekçesiyle beraat kararlarının yerinde olduğu sonucuna varıldığı aktarıldı.
Onama kararında, soruşturma ve kovuşturma evrelerinde toplanan kanıtların kâfi olduğu, fakat duyuma dayalı, soyut ve çelişkili beyanların kanıt olarak kabul edilemeyeceği söz edildi. Yargıtay, sanıkların üzerine atılı hatalar için beraat kararlarının hukuka uygun olduğu kanaatine vararak, temyiz müracaatlarını reddetti ve beraat kararlarını onadı.
